Собор был установлен указом патриарха Московского и всея Руси Алексия II от 22 июля 2002 года по ходатайству руководства Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата. Согласно указу была написана и икона "Собор Святых земли Эстонской", которая находится в Таллиннском Александро-Невском кафедральном соборе. Были составлены литургические тексты, в том числе канон.

Список святых дан в соответствии с документом «Поименные списки местных соборов святых, почитаемых в Самоуправляемых Церквах, Экзархатах, Митрополичьих округах, митрополиях и епархиях», утвержденным на заседании Священного Синода 16 мая 2023 года (журнал № 31).